On a longtemps pensé que le Japon avait tout d’abord été peuplé quelques milliers d’années seulement avant Jésus Christ par les populations néolithique (l’âge de la pierre polie) venue du continent asiatique par la mer.

Il n’y a guère que 20 000 ans ou même 10 000, les îles étaient une langue de terre presque continue, reliée au continent asiatique en de nombreux points.

Ce qui est maintenant le Japon était un grand bassin ressemblant à un lac. Il est probable que de nombreuses espèces de mammifères, entrées dans le pays par des voies d’accès terrestres, ont prospéré dans les pâturages de l’intérieur du japon. Parmi ces migrateurs, il y eut aussi des mammouths venus du Nord de la Sibérie et des éléphants venus du Sud.
Les premiers hominiens à vivre dans ce pays pénètrent par les mêmes accès terrestres, attirés par ces animaux et par l’abondance du gibier sauvage que ces terres contenaient.

La race de Cro-magnon vint probablement dans la région, par le Nord, apportant une culture paléolithique relativement évoluée, qui s’épanouit ici au cours des 100 000 dernières années peut-être de la période glaciaire. La nature et le caractère des vestiges indiquent que la population comprenait des hordes de chasseurs, vivant dans des refuges cachés au coeur d’épaisses forets et de sous-bois.

Contrairement à la plupart des peuplements du début de l’âge de la pierre, dans les régions eurasiatiques, l’homme primitif japonais n’avait pas grand besoin d’habitat en cavernes, mais il apparaît qu’il sut vite construire des huttes de branchages ou de peau d’animaux.
Les armes et les outils étaient d’origine de gros fragments de pierre taillée par éclats. Puis apparaissent les premières lances et pointes de flèches, celles-ci devenant de plus en plus petites avec le temps, pour en arriver finalement à des dimensions minuscules. Dénommés microlithes, ces outils caractérisent les cultures mésolithiques, de la fin de la période glaciaire.

Le retrait des glaciers et l’élévation du niveau de la mer semble avoir complètement submergé les passages terrestres à une époque pouvant se situer entre 8000 et 6000 ans avant Jésus-Christ. Les cotes extrêmes d’Asie ont toujours opposé un obstacle infranchissable aux déplacements de masses, ce qui explique d’ailleurs que la migration néolithique n’était probablement pas très importante. Les différences marquées entre les cultures néolithiques de chaque région de l’archipel au cours des temps sont dues non seulement aux spécialisations locales, mais aussi aux vagues successives de migration, s’étendant sur de nombreux millénaires, apportant des traditions culturelles différentes.

Les populations côtières demeurèrent, au cours de plusieurs millénaires, complètement différentes de celles des montagnes et de l’intérieur. La poterie en atteste. Elle varie beaucoup, tant par la forme que par le décor, et c’est là le caractère le plus frappant de l’époque. Elle caractérise de façon tellement incontestable le Néolithique japonais qu'on le nomme habituellement Jomon, en raison du genre de décoration à « impressions cordées » qui a longtemps prévalu dans les fabrications en céramiques. Ces objets sont parmi les exemples les meilleurs et les plus fins de l’art céramique du monde protohistorique. Ces statuettes signifient non seulement l’accession magistrale du Japon dans l’histoire de l’art, mais elles offrent un témoignage visuel remarquable des idéologies et des symboles. La crainte de métamorphoses terribles, non seulement des hommes et des animaux mais aussi de tout l’univers de la matière organique et inorganique, s’est perpétuée dans la tradition japonaise jusqu’à nos jours. La plupart des statuettes Jomon, pourtant, ont des traits tout à fait humains.

 

La révolution agricole intervint assez tard au Japon. On peut la situer au milieu de 1er millénaire avant notre ère. C’est à partir de cette époque que les communautés du Jomon semblent avoir atteint le summum de leur expansion, à la fois en s’installant dans une vie rurale, et en cessant de s’assujettir aux déplacements périodiques. Dans le processus de l’organisation sociale, les collectivités du Jomon passent d’une économie de consommation à une économie de production et de l’activité individuelle et familiale à une véritable coopération organisée.
Dans les régions Sud, toutefois, cette métamorphose est à peine réalisée que le Jomon s’éteint pour faire place à une nouvelle culture d’un genre nettement différent.

La culture nouvelle s’appelle Yayoï, du nom du quartier de Tokyo où l’on a fait les premières découvertes de ce type au siècle dernier.

Une agriculture naît, mettant en oeuvre la houe et la charrue, et comportant foncièrement une culture et une irrigation intensive, le riz étant la principale récolte.
Les demeures sont pourvues de planchers posés à même le sol ou surélevés.
L’outillage industriel se compose au début d’outils de pierres aux formes bien polies, parmi lesquels des outils agricoles spécialisés, tels que la hache quadrangulaire et les faucilles. Plus tard, l’usage du métal se répandant, des objet et outils de bronze sont utilisés.
La poterie faite au tour prend beaucoup de formes différentes. Certains spécimens ont un pied élevé et d’autres, dont on se sert pour faire bouillir le riz, sont en forme de double jarre. Une décoration peinte fait place à l’ornement en relief classique de la poterie Jomon.

Dans le long intervalle de temps allant du 3ème siècle avant J. Christ au 3ème siècle de l’ère chrétienne, le Japon fut exposé à un flot d’influences ethniques et culturelles s’étendant des cotes nord de Kyushu aux régions centrales et méridionales de l’archipel.

Au Nord de la plaine de Kanto, la culture de Jomon put survivre et s’est maintenue en certaines zones jusqu’à la fin du 1er millénaire de l’ère chrétienne.